Odbor dopravy vykonává samostatnou i přenesenou působnost a člení se na následující oddělení:

• Oddělení pozemních komunikací
  V rámci samosprávy zajišťuje koordinaci a řízení Krajské správy a údržby silnic Středočeského kraje, metodickou podporu ve věcech provozních (běžné a zimní údržby) a investičních v oblasti silnic II. a III. třídy a kontrolu a řízení finančních prostředků v silniční dopravě.

• Oddělení dopravně správních agend
  Zajišťuje výkon státní správy na úseku silničního hospodářství pro silnice I. třídy, kontrolní vážení nákladních vozidel (provozuje v kraji 4 WIM), agendu STK, agendu učitelů autoškol, akreditovaná školící střediska a odvolací orgán pro obce.

• Oddělení silniční dopravy
  Zajišťuje výkon státní správy na úseku agend dopravců a státní odborný dozor v nákladní dopravě.

Součástí odboru je též sekretariát, v němž jsou zařazeni asistentky, právníci a ekonomové odboru. Sekretariát zabezpečuje administrativní agendu, organizační a koordinační činnosti nezbytné pro výkon funkce vedoucího odboru a jednotlivých oddělení.

Veřejnou dopravou se zabývá Odbor veřejné mobility.