Náplň oddělení stížností v samostatné a v přenesené působnosti je stanovena takto:

• vede centrální evidenci petic a stížností v samostatné i přenesené působnosti,
• zajišťuje agendu petic a stížností v souladu s Pravidly pro přijímání a vyřizování stížností a petic,
• kontroluje úplnost vyřízení a dodržování lhůt u petic a stížností, které jsou vyřizovány přímo jednotlivými odbory, 
• podává v případě zjištěných nedostatků návrhy opatření k nápravě,
• zabezpečuje kontrolu plnění přijatých opatření z oprávněných stížností a petic,
• dává podněty k provedení kontroly v případě, že stížnost nebo petice signalizuje závažný nedostatek v činnosti úřadu nebo příspěvkové organizace, jejímž zřizovatelem je kraj,
• provádí analýzu a vyhodnocování stížností a petic pro Kontrolní výbor Zastupitelstva a Radu, 
• analyzuje výsledky prošetřování a řešení petic a stížností a navrhuje systémová opatření,
• zabezpečuje kontroly u opakovaných podnětů, stížností a petic včetně jejich vyřizování,
• řeší stížnosti proti nevhodnému chování osob nebo proti postupu správního orgánu,
• koordinuje a zajišťuje aplikace metody benchmarkingu – BMK pro potřebu agendy stížností, 
• koordinuje metodickou pomoc obcím ve své oblasti,
• poskytuje informace týkající se informačního zákona, vede centrální evidenci žádostí o informace podle tohoto zákona a kontroluje dodržování lhůt stanovených tímto zákonem,
• připravuje Výroční zprávu povinného subjektu v souladu s § 18 informačního zákona,
• zajišťuje a zpracovává agendu úřadu týkající se Veřejného ochránce práv (ombudsmana),
• zajišťuje agendu a vede centrální evidenci požadavků orgánů činných v trestním řízení,
• kontroluje úplnost vyřízení a dodržování lhůt u požadavků orgánů činných v trestním řízení, které jsou vyřizovány přímo jednotlivými odbory,
• analyzuje výsledky prošetřování zjištění orgánů činných v trestním řízení a navrhuje systémová opatření, v případě zjištěných nedostatků podává návrhy opatření k nápravě,
• zabezpečuje kontrolu plnění přijatých opatření ze zjištění orgánů činných v trestním řízení,
• dává podněty k provedení kontroly v případě, že zjištění orgánů činných v trestním řízení signalizuje závažný nedostatek v činnosti úřadu nebo příspěvkové organizace, jejímž zřizovatelem je kraj,
• zajišťuje a zpracovává agendu žádostí o informace členů Zastupitelstva, které souvisejí s výkonem jejich funkce, v souladu se zákonem o krajích,
• zajišťuje agendu a povinnosti, které pro úřad jako pro tzv. podpůrný orgán vyplývají ze zákona č. 159/2006 Sb., o střetu zájmů, ve znění pozdějších předpisů,
• provádí kontrolu výkonu přenesené působnosti obcí kraje v oblasti zápisů veřejných funkcionářů do Centrálního registru oznámení v souladu se zákonem č. 159/2006 Sb.