Všech 17 dosavadních mincoven bylo zrušeno a výroba byla soustředěna do nově zřízené mincovny ve Vlašském dvoře, přímo u nejbohatšího zdroje stříbra v zemi. Tato opevněná mincovna byla ale také místem, kde se shromažďoval královský podíl z těžby, tzv. urbura. Na počátku 14. století proběhly stavební úpravy, které raně gotický městský hrad upravily pro potřeby mincovny. Vlašský dvůr ale současně v případě pobytu krále ve městě sloužil i jako panovnické sídlo.

Hrad na pozemku s půdorysem nepravidelného oválu byl přístupný velkou hranolovou věží s bránou. Zhruba polovinu obvodu nádvoří zaujímaly tzv. šmitny, malé dílny vysoké přes 4m. Bylo jich celkem 17 a nad vchodem s vysokým štítem byly zasazeny znaky měst, z nichž byla ražba mincí do Kutné Hory přenesena. Na severní straně dvora stál královský dům, v jehož přízemí byl zřízen tzv. preghaus, místo, kde probíhala vlastní ražba mincí. V západní části nádvoří byly hospodářské provozy, sklady stříbra a prostory pro úředníky.

Další proměna areálu proběhla za vlády Václava IV., kdy se funkce Vlašského dvora jako panovnického sídla dostala více do popředí. Václav IV. nechal na východní straně dvora nad starým preghausem postavit nový věžovitý palác, v němž byla kromě soukromých a reprezentačních komnat vybudována i architektonicky pozoruhodná kaple sv. Václava zakončená arkýřem s náročnou kamenosochařskou výzdobou. Kaple byla vysvěcena v roce 1400 a ve své původní vrcholně gotické podobě se zachovala až do 19. století. Součástí náročných úprav byla i nová vstupní brána pod královským palácem, která slouží jako vstup dodnes.

Nová královská rezidence, jejíž stavbu provedla Parlérova huť, se pod názvem Vlašský dvůr uvádí poprvé roku 1401. Byla místem řady důležitých politických událostí, které se zapsaly do historie českého státu. Zde byl například roku 1409 Václavem IV. podepsán Dekret kutnohorský, který upravoval poměry na pražské univerzitě.

Období husitských válek Vlašský dvůr nijak významně nezasáhlo. Dvůr byl v roce 1420 sídlem krále Zikmunda, který se těšil podpoře německého patriciátu Kutné Hory. Ten byl však z města vypuzen a Kutná Hora se stala jednou z opor kališnické strany. Vlašský dvůr naštěstí nebyl během válek poškozen a i nadále zůstal důležitým místem politických jednání. Například roku 1444 zde byl Jiří z Poděbrad zvolen hejtmanem čtyř východočeských krajů. Na jednom ze zemských sněmů, které se tu konaly, byl v květnu 1471 českým králem zvolen Vladislav Jagellonský. V roce 1485 byl ve Vlašském dvoře uzavřen náboženský mír mezi stranou kališníků a katolíků. Poslední zemský sněm se tady konal v roce 1510.

Období vlády Vladislava Jagellonského obohatilo Vlašský dvůr o tři pozdně gotické oltáře, které dodnes patří mezi nejcennější oltáře svého druhu u nás, ale výrazně se podepsalo i na podobě opevnění dvora. To částečně splynulo se zástavbou (na místě ústí bývalého příkopu byl postaven nový mincmistrovský dům), částečně bylo zrušeno a Vlašský dvůr tak od města nadále oddělovala pouze hradba.

Habsburkové opět upřednostnili funkci mincovny před funkcí královského sídla. V roce 1547 zastavili ražbu pražských grošů a zcela ji nahradili ražbou tolarů. Poslední rozsáhlá přestavba Vlašské dvora, která proběhla v letech 1578-1582, se dotkla hlavně provozních prostor. Šmitny ztratily svůj gotický vzhled, protože místo jejich vysokých gotických štítů bylo postaveno patro. Nevyužívané královské komnaty byly na počátku 17. století přestavěny na byt správce mincovny. Ta byla ale roku 1727 zrušena a následně roku 1783 zanikl i Úřad nejvyššího mincmistra.

Poté objekt sloužil různým účelům, např. jako radnice, vojenský lazaret či škola. V roce 1881 byl zakoupen městem a bylo plánováno ho zbourat a postavit na jeho místě komplex škol. Postupně ale převládl názor, že historicky cenná budova by měla být zachována. Rekonstrukce byla vlastně kompromisem mezi oběma pohledy. Obnova byla uskutečněna v letech 1893 - 1897 pod vedením Ludvíka Láblera a dala významné stavbě dnešní podobu. Část budov byla zbourána a nahrazena novostavbami nebo upravena pro jiné účely. Například na místě západního křídla vznikla škola a v interiérech bývalých šmiten kanceláře.

Hlavní královský palác na severní straně areálu zůstal sice zachován, ale královské komnaty byly adaptovány pro potřeby radnice a jejich interiéry byly značně změněny. V hlavním reprezentačním sále byl však odkryt a restaurován vzácný gotický dřevěný kazetový strop. Změny byly provedeny i v kapli sv. Václava a sv. Ladislava. Vrcholně gotické tvarosloví prostoru, které řadí tuto kapli mezi vrcholná díla české gotické architektury, zůstalo sice zahováno, ale stěny byly po roce 1904 pokryty nástěnnými malbami Františka a Marie Urbanových.

Po roce 1945 se Vlašský dvůr stal sídlem městského národního výboru. Škola byla zrušena a v jejích prostorách byly zřízeny kanceláře. Od roku 1962 je Vlašský dvůr zařazen mezi národní kulturní památky a v současnosti je zde instalována expozice dějin ražby mincí v Kutné Hoře.